Il Museo Diocesano di Cortona venne inaugurato nel 1945 per volontà del vescovo Giuseppe Franciolini e del Capitolo della Cattedrale, dopo oltre vent’anni d’interventi. Già nel 1923, in occasione del quarto centenario della morte di Luca Signorelli, vi erano state adeguatamente sistemate le opere del grande maestro cortonese e, nel 1939 la raccolta era stata arricchita con alcune opere provenienti dalla Cattedrale e dalle chiese della diocesi cortonese. L’edificio dove ha sede il Museo Diocesano ospitava in origine la Confraternita del Buon Gesù. Il complesso architettonico, edificato tra il 1498 e il 1505, era composto da due corpi di fabbrica sovrapposti, la chiesa superiore, quella appunto del Gesù, e un oratorio inferiore destinato alle riunioni e alle attività dei confratelli. La chiesa superiore, a navata unica, aveva originariamente tre altari su cui stavano le pale commissionate a Luca Signorelli (ora nella sala Signorelli del museo). Da notare lo straordinario soffitto ligneo del Mezzanotte, in cui sono evidenti, tra gli altri, il monogramma di S. Bernardino (IHS) e i simboli della passione di Cristo.